Le programme génomique

La génomique est l’étude du génome, c'est-à-dire de l’ensemble du matériel génétique d’un individu. Les analyses à grande échelle de génomique ont d’ores et déjà permis d’identifier de nombreux gènes impliqués dans le développement des différents types de cancers et des variants associés à la prédisposition à certains cancers.

L’étude des altérations génétiques des cellules tumorales devrait permettre le développement de nouveaux outils diagnostiques et l’identification de meilleures stratégies thérapeutiques en déterminant les marqueurs prédictifs de la réponse à une thérapie afin de ne traiter que les patients répondeurs. Elle pourrait ainsi conduire à une « médecine personnalisée ».

Le 27 avril 2006, le Président de la République a lancé un programme national de génomique du cancer, coordonné par l’Institut National du cancer.
Cette thématique a été reprise au sein du deuxième Plan cancer lancé en novembre 2009, en particulier en mettant l’accent sur le séquençage extensif d’un certaine nombre de tumeurs (Mesure 5-4 du Plan cancer 2009-2013).

 

Le programme national de génomique du cancer

Coordonné par l’INCa, ce programme repose sur l’expertise du Centre national de génotypage (qui fait partie de l’Institut de génomique, CEA), de la Fondation Jean Dausset (Centre d’étude du polymorphisme humain, CEPH) qui est responsable de la centralisation des collections, de la préparation et du contrôle qualité de l’ADN ainsi que de la conservation des échantillons. Les cancéropôles participent également à ce programme, qui s’inscrit dans un contexte international.

Ses premiers objectifs sont axés sur des études à grande échelle dont le but est d’identifier les facteurs génétiques impliqués dans la prédisposition au cancer par la cartographie d’études d’association sur le génome entier (WGA). Les cancers du poumon et du rein, étudiés dans les Programmes nationaux d’excellence spécialisés (PNES), sont des cibles initiales prioritaires pour ces études génétiques. Le cancer du sein, de la prostate et le mélanome ont également été inclus dans le programme.

Pour le cancer du poumon, une étude WGA financée par l’INCa, a porté sur environ 2000 personnes originaires de six pays d’Europe centrale. Elle a permis d’identifier, sur la zone chromosomique 15q25, un locus fortement associé au cancer du poumon. Ce locus a été répliqué dans cinq études distinctes sur le cancer du poumon. La zone d’association contient plusieurs gènes, dont trois gènes codant pour les sous-unités du récepteur nicotinique cholinergique (CHRNA5, CHRNA3 et CHRNB4). Ces résultats ont donné lieu à une publication scientifique en avril 2008 (Hung et al., A susceptibility locus for lung cancer maps to nicotinic acetylcholine receptor subunit genes on 15q25. Nature, 452, 633-637). D’autres résultats ont été publiés, ils identifient un nouveau locus de susceptibilité au cancer du poumon situé sur le chromosome 5p15.33, dont le gène de la transcriptase inverse de la télomérase (TERT) et le gène CLPTM1L (Cleft lip and palate transmembrane 1 like) de la fente palatine (MacKay et al. Lung cancer susceptibility locus at 5p15.33. Nature genetics, 40, 1404-1406). Dans le prolongement de ce programme, deux projets ont été sélectionnés pour leur excellence scientifique lors d’un appel à projets de l’INCa. Ces projets contribueront à déterminer la signification fonctionnelle et clinique de ces résultats de WGA.

Dans le premier projet, il s’agit d’aboutir à une compréhension mécanistique du rôle des gènes identifiés dans la cancérogenèse pulmonaire et de déterminer leur pertinence en tant que biomarqueurs de détection précoce, de diagnostic, de pronostic et de prédiction des réponses thérapeutiques.
Le second projet consiste à analyser l’interaction entre les variations génétiques identifiées dans l’étude WGA et le tabagisme, l’exposition professionnelle à certains carcinogènes, dans une cohorte comportant plus de 5000 cas et un nombre comparable de témoins.

La Ligue Nationale contre le cancer a lancé en 2009, en partenariat avec l’INCa, un appel à projets d’études génomiques de tumeurs humaines de l’adulte et de l’enfant. Il s’inscrit dans le cadre du programme Carte d’Identité des Tumeurs.