Conséquence souvent prévisible d'un traitement survenant en plus de son effet principal. Certains effets secondaires sont souhaités, d'autres non et peuvent être gênants ; ce sont alors des effets indésirables. Les effets secondaires n'apparaissent pas de façon systématique, mais dépendent des traitements reçus, de leur association avec d'autres, des doses administrées, du type de cancer et de la façon dont la personne malade réagit. Il existe des effets secondaires immédiats et des effets secondaires tardifs. Un effet secondaire peut persister longtemps après l'arrêt des traitements et, parfois, devenir définitif. Le patient doit être informé de l'apparition possible d'effets secondaires.